Bon !!! une fois de plus j'aurais mieux fait de me taire...
Désolé, tout va bien j'ai le clair entier et correct.
Encore une fois, c'était le copié/collé du crypto depuis le PDF qui m'a joué un vilain tour et je ne sais pas pourquoi.
Avec mes excuses !

(@jaudi tu peux supprimer)

J'ai trouvé la réponse avec un clair déchiffré correct jusqu'à un certain point (presque à la fin) et mes tentatives de déchiffrement propre n'aboutissent pas.
À partir d'un moment, certaines lettres sont remplacées par d'autres, mais la suite est partiellement correcte et les erreurs ne font pas planter le déchiffrement du flux qui suit...

Alors trois possibilités :
- mon alphabet est incorrect car issu d'un texte clair qui n'est pas celui qui a servi à créer l'énigme (il existe sous différentes formes) mais je n'y crois pas, car j'arrive au bout.
- soit mon script comporte un bug
- soit l'algo de création de l'énigme comporte un bug

Et si vous voulez mon avis, je penche pour la troisième options, mais je peux me tromper. ;-)