Le chiffrement AMSCO est un systeme de transposition par colonnes qui se distingue par son mode de remplissage original. Au lieu de placer un seul caractere par case de la grille, l'AMSCO alterne entre des cellules d'un caractere et de deux caracteres.
Le remplissage commence generalement par une cellule d'un caractere, puis alterne avec une cellule de deux caracteres, puis un, puis deux, etc. A chaque nouvelle ligne, le schema d'alternance s'inverse. Les colonnes sont ensuite reordonnees selon un mot-cle, puis lues de haut en bas pour produire le texte chiffre. Ce mecanisme d'alternance rend la cryptanalyse significativement plus difficile que pour une transposition classique.